O ex-deputado iniciou a carreira profissional em 1978 como analista do Tribunal de Contas dos Municípios (TCM), em Fortaleza. Em 1980, filiou-se ao Partido dos Trabalhadores (PT). Em 1986, disputou eleições, sendo escolhido deputado estadual com 9.588 votos.

Em 1987, assumiu o primeiro mandato na Assembleia Legislativa do Ceará. No mesmo ano, foi escolhido líder do PT por dois anos, além de presidente do diretório estadual do partido. Entre 1989 e 1990, atuou como conselheiro do Conselho Estadual do Meio Ambiente (Coema), em Fortaleza. No ano seguinte, assumiu o cargo de presidente fundador do Instituto Ambiental de Estudos e Assessoria, também na capital cearense.

Em 1998, João Alfredo foi novamente eleito líder do Partido dos Trabalhadores (PT) para gestão de dois anos. Em outubro do mesmo ano, foi reeleito deputado estadual, com 34.733 votos. Em 1999, assumiu seu terceiro mandato consecutivo na Assembleia Legislativa, ano em que se tornou conselheiro do Conselho de Defesa dos Direitos Humanos, permanecendo no cargo por cinco anos.

João Alfredo disputou as eleições de 2002 ao cargo de deputado federal e foi eleito com 112.144 votos. O cearense tomou posse no Congresso em fevereiro de 2003 e passou a atuar como titular da Comissão Especial para Proposta de Emenda Constitucional (PEC), arquivada pela Câmara, sobre escolha de ministro do Supremo Tribunal Federal (STF).

Em 2005, filiou-se ao Partido Socialismo e Liberdade (Psol), do qual foi escolhido vice-líder naquele ano.

No ano seguinte, assumiu a função de primeiro vice-líder do partido e tornou-se titular de duas comissões permanentes na Câmara dos Deputados: Defesa do Consumidor; Meio Ambiente e Minorias; Direitos Humanos e Minorias.      Nas eleições municipais de outubro de 2008, candidatou-se a vereador em Fortaleza, sendo, naquela ocasião, o candidato mais votado, com 14.917 votos. Em 2009, tomou posse como vereador da Câmara Municipal de Fortaleza, cargo para o qual foi reeleito no pleito de 2012.

A Constituição Política do Ceará foi promulgada pela Assembleia Estadual Constituinte em cinco de outubro de 1989. É a Carta Magna do Estado, elaborada de acordo com os princípios da Constituição do Brasil de 1988.

Com apresentação do jornalista Renato Abreu e produção de Helenir Medeiros, o Questão de Ordem vai ao ar de segunda a sexta-feira, às 19h30. A reprise acontece às 7h20 do dia seguinte. O programa também é transmitido pela FM Assembleia (96,7 MHz), de segunda a sexta-feira, às 22h.

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